Net als de abdij van Eversam is de kerk Sint-Jan Onthoofding in 1794 geplunderd en in brand gestoken door de Franse revolutionairen. Na voorlopige herstellingen volgt in 1830 de wederopbouw. In de periode 1889-1892 wordt ze opnieuw hersteld en vergroot tot een driebeukige hallenkerk. Van de Romaanse kerk uit 1250 blijven alleen enkele sporen in de oudste muurgedeelten.
Het meubilair in de kerk is neo-gotisch en bestaat uit 19de eeuwse altaren, communiebank, koorgestoelte, kansel en biechtstoelen. Het authentieke Van Peteghem-orgel uit de 18de eeuw is beschermd sinds 1981. Gerenommeerde organisten geven nog regelmatig concerten in de Sint-Jan Onthoofdingkerk, dit in samenwerking met De vrienden van het Van Peteghem-orgel in Haringe.
Brandglazen
Tijdens de Eerste Wereldoorlog wordt de kerktoren gebruikt als uitkijkpost. In 1917 sneuvelt de Franse oorlogsvrijwilliger Etienne Lorin (Chartres) bij het 263ste veldartillerieregiment op 18-jarige leeftijd in Bikschote. Hij wordt oorspronkelijk op het kerkhof van Stavele begraven. Als herinnering aan dit feit schenken zijn ouders, die kunstglasschilders zijn in het Franse Chartres, twee brandglazen aan de kerk. Op 25 oktober 1919 worden beide kunstwerken, in aanwezigheid van de kunstenaars, aangebracht in de doopkapel van de kerk.
Het middenstuk stelt de doop van Christus voor in de Jordaan. Het glasraam aan de oostkant toont de marteldood van St.-Stefaan (Etienne). Onderaan is er een medaillon te zien met de afbeelding van Etienne Lorin, zoon van de kunstenaars. Het glasraam aan de westkant geeft een beeld van het slagveld met op de voorgrond een kanon waarbij een gevallen soldaat ligt. Het portret van zoon Etienne wordt op dit paneel herhaald. Bovenaan is er verder een zicht op de IJzer te zien met de loopgraven verdedigd door soldaten.
In de kerk hangt ook een memento: op een beschilderd blad achter glas in een houten, deels vergulde omlijsting, prijken de foto’s en de namen van de acht militairen van Stavele die tijdens de Eerste Wereldoorlog om het leven zijn gekomen. Daarboven hangt nog een gedenktegel, in 1988 geschonken door het provinciebestuur van West-Vlaanderen ter herdenking van de wapenstilstand.